A Escola Autonomia foi fundada em 1991 por um grupo de 16 professoras com o objetivo de criar uma instituição diferenciada, baseada em princípios humanistas e em propostas pedagógicas inovadoras.

Inicialmente atendendo à Educação Infantil e aos primeiros anos do Ensino Fundamental, a escola expandiu seu atendimento ao longo dos anos, chegando ao Ensino Médio em 1998.

Em 2000, consolidou-se em sede própria no bairro Itacorubi, com ampla estrutura para sustentar seu crescimento.

Com o passar do tempo, a instituição se transformou em uma grande referência educacional, reunindo hoje mais de 130 colaboradores. Projetos inovadores marcaram sua trajetória, como o Núcleo de Tecnologia e Comunicação (2004) e o Projeto Transdisciplinar (2005), que reforçaram a construção de valores e o compromisso com temas contemporâneos, como educação ambiental e midiática.

Em 2020, a Escola passou a integrar o Grupo Bahema, atualmente Bioma Educação, garantindo a perenidade de seu projeto pedagógico e fortalecendo ainda mais suas iniciativas. A partir dessa parceria, novas propostas foram implementadas, entre elas o fortalecimento da Língua Inglesa em todas as etapas de ensino, visando à formação de estudantes críticos e preparados para um mundo interconectado.

Nos anos seguintes, projetos de cunho social e relacional foram destaque. O Projeto Amizade Responsável (2022) promoveu práticas de convivência ética e cooperativa entre os estudantes, enquanto a criação da Comissão Etnorracial (CEA) reforçou o compromisso da escola com uma educação antirracista e inclusiva.

Em 2023, foram instituídos o Núcleo de Práticas Inclusivas e as Comissões de Famílias, ampliando a escuta, a participação e o diálogo entre escola, estudantes e famílias.